L'ultimo round del Mondiale Superbike 2007 sul circuito di Magny-Cours ha rappresentato anche la fine della carriera sportiva per una delle moto da competizione più blasonate mai costruite dalla casa di Borgo Panigale.

Vincente fin dal debutto con Neil Hodgson e Ruben Xaus, rispettivamente primo e secondo nella gara d'apertura del Mondiale 2003, la Ducati 999 ha vinto tre degli ultimi cinque titoli Piloti: Hodgson (2003), James Toseland (2004) e Troy Bayliss (2006).

Nel corso degli ultimi cinque anni, Ducati ha inoltre vinto tre titoli Costruttori, sempre nel '03, '04 e '06, anche se nel 2003 e nel 2004 i punti per questa particolare classifica sono stati guadagnati anche dalla storica 998, con vittorie in cinque occasioni per Toseland, Shane Byrne e Pierfrancesco Chili.

La Ducati 999 ha ottenuto un totale di 63 vittorie nel Mondiale Superbike, nelle mani di otto diversi piloti: Troy Bayliss (19 volte), Neil Hodgson (13), Régis Laconi (10), Ruben Xaus (8), Noriyuki Haga (6), James Toseland (4), Lorenzo Lanzi (2) e Garry McCoy (1).

Le Ducati 999 della squadra ufficiale Ducati sono apparse nei colori di due diversi sponsor - Fila nel 2003 e nel 2004 e Xerox dal 2005 al 2007.

Il Direttore Tecnico Ducati Corse Superbike Ernesto Marinelli è stato responsabile dello sviluppo e dell'evoluzione della 999 sin dall'inizio.

"Mi viene da piangere!" ha dichiarato Ernesto. "Sicuramente la 999 è una moto che ci ha dato tantissime soddisfazioni dal 2003 fino a quest'anno, il suo ultimo. Penso abbia dimostrato tanto durante questi anni e continua ancora a dimostrare tanto. A livello di motore c'è stato solo uno 'step' intermedio a cavallo del 2004/2005, quando la potenza è stata aumentata da 189 a 194 cavalli, dopodiché il motore non si è più evoluto. Altra cosa fondamentale è stato il livello raggiunto dall'elettronica, sempre tra il 2004 e il 2005, con il passaggio dalla centralina elettronica Marelli MF5 a quella Marelli Marvel4, con tutti gli aggiornamenti elettronici."

Dopo il cambio di regolamento a partire dal 2008, il Ducati Xerox Team parteciperà al Campionato Mondiale Superbike con la nuova Ducati 1098 F08.