La Yamaha MT-03 è stata realizzata in una versione speciale, disponibile fino al 31 luglio 2009 al prezzo di 6.590 Euro franco concessionario, che offre di serie un doppio scarico Akrapovic rivestito in titanio.
Lo scarico da solo avrebbe un prezzo di listino di 1.200 Euro circa.
La MT-03 si presta particolarmente bene alla personalizzazione estetica, e lo scarico Akrapovic rende la street-fighter di Iwata ancora più aggressiva.