La nuova Yamaha R6 2008 arriva sul mercato con un motore tutto nuovo ed importanti aggiornamenti alla ciclistica ed all'estetica. La nuova media ipersportiva di Iwata ha adesso un frontale ridisegnato e più aggressivo (oltre che più aerodinamico), dei fianchetti più snelli e nuovi supporti per gli specchietti retrovisori.

Ma le novità principali sono sotto alle plastiche, con un motore dotato del sistema ride-by-wire YCC-T (Yamaha Chip-Controlled Throttle), che controlla elettrinicamente i corpi farfallati lasciando libera la centralina di aprirli o chiuderli indipendentemente dalla rotazione della manopola del gas, affiancato in questa versione dal sistema YCC-I (Yamaha Chip-Controlled Intake).

Lo YCC-I controlla - sempre elettronicamente - i condotti di aspirazione, analogamente a quanto fatto dal sistema simile montato sulla R1. Si tratta di una novità assoluta per una 600, indice del livello disofisticatezza sempre più estremo che stanno assumendo anche le medie ipersportive. Il sistema permette alla centralina di ridurre la lunghezza dei condotti di alimentazione al variare delle condizioni del motore (ai regimi più alti), e permette di avere un'erogazione di coppia corposa ai bassi e medi regimi insieme ad un maggiore allungo agli alti regimi.

Modifiche anche alla meccanica, con nuovi pistoni che fanno crescere il rapporto di compressione fino a 13,1:1.

Anche il telaio è stato rivisto, con interventi volti a renderlo più rigido. Le pareti dei due travi principali sono adesso più spesse, così come la zona dove si innesta il cannotto di sterzo.

Nuovi i foderi della forcella, mentre il telaietto reggisella adesso è in pregiata lega di magnesio e pesa solo 450 g. Modifiche anche al forcellone ed alle piastre di sterzo, mentre aumenta lo spessore dei dischi anteriori.