La pioggia è caduta copiosa durante la mattina del secondo giorno di prove a Brno, ma una volta asciugata la pista molti piloti hanno continuato questa importante sessione di test con l'obiettivo di mettere a punto sia le ultime evoluzioni delle moto 2006 - in vista di un finale di campionato incandescente - che le moto per il prossimo anno, quando si correrà con cilindrata ridotta a 800cc.

Nicky Hayden ha fatto ben 67 giri sulla sua Honda RC211V evoluzione, guidando sulla pioggia e con l'asciutto e testando abbondantemente anche i nuovi pneumatici rain della Michelin. Hayden si è detto impressionato dalle caratteristiche del nuovo telaio, ed è stato in grado di mantenere un ottimo passo in qualsiasi condizione dell'asfalto.

Non ha invece provato il suo compagno di squadra Dani Pedrosa, che quest'anno continuerà a guidare la moto standard.

Valentino Rossi ha continuato il lavoro sulla Yamaha M1, lavorando molto sulla messa a punto delle sospensioni per ottenere un maggiore grip del posteriore ed una maggiore stabilità della moto a centro curva. Molto lavoro per Rossi sulle coperture Michelin, aiutato dal compagno di squadra Colin Edwards. Valentino avrebbe voluto fare qualche altro giro sulla moto 2007, ma il peggiorare del tempo nel pomeriggio lo ha obbligato a desistere.

I tempi del secondo giorno di prove:
Valentino Rossi Yamaha 1’58.117
Loris Capirossi Ducati  1’58.421
Nicky Hayden Honda  1.58.528
Colin Edwards Yamaha 1’59.140
Toni Elias  Honda 1’59.884
James Ellison Yamaha 2’00.597
Sylvain Guintoli Yamaha 2’01.074
Carlos Checa Yamaha 2’01.744
Shinichi Itoh Ducati 2’02.100
Chris Vermeulen Suzuki  2’13.759